青海大学农牧学院动物医学系始建于1958年，前身为青海畜牧兽医学院兽医系，1997年并入青海大学改称农牧学院动物医学系。动物医学专业是农牧学院优势专业。2019年，动物医学专业获批国家级一流专业建设项目。2020年，经教育部批准调整动物医学专业本科生修业年限为五年，自此，动物医学采取“4+1”培养模式，动物医学（卓越兽医师）采取“3.5+1.5”培养模式。2021年，获批兽医学一级学科硕士学位授权。

动物医学系设有基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、食品卫生检验四个教研室，教学仪器设备先进，实验室面积充裕；动物医学专业现有在校本科生432人，硕士生59人。现有专任教师48人，其中教授15人，副教授20人，青海省“昆仑学者.教学名师”1人，青海省优秀教师1人，青海省自然科学与工程学科带头人6人，青海省骨干教师7人，青海省“高端创新人才千人计划” 领军人才2人，拔尖人才17人。形成了一支结构合理、素质优良、教学业务精湛的师资队伍。

动物医学系拥有省级重点实验室“青藏高原动物疾病研究室”、省部共建“基础兽医学多功能实验室”和青藏高原动物疾病防治“人才小高地”建设团队，拥有青藏高原动物适应机理研究与应用、高原动物疫病防控、人兽共患病等稳定的研究方向。先后完成国家级与省部级科研项目58项，获省科技进步二等奖2项，省科技进步三等奖1项，农业部丰收计划三等奖1项；完成省级精品课程建设项目1项（家畜解剖与组织胚胎学）、校级二类精品课程3门（动物生理学、兽医寄生虫学、家畜病理学）、校级三类精品课程7门（兽医药理学、家畜病理学、家畜组织胚胎学、兽医免疫学、兽医公共卫生学、兽医传染病学、细胞生物学）；近3年承担各类科研项目40余项，经费近1600万元；承担各类教育教学改革项目30余项、经费近90万元，其中教材建设项目2项；完成基础兽医学标准化教研室建设，基础兽医学教学团队在建中。此外，动物医学系注重学生的全过程培养，积极参加国内各种竞赛活动，并先后参加“雄鹰杯”小动物医师技能大赛、“生泰尔杯”全国大学生动物医学专业技能大赛等赛事活动，并取得优异成绩。

截至目前，动物医学专业连续招生55届，累计毕业生2600余人。近年招生人数稳定在120人/年左右。卓越兽医师目前为止已招生9届，共计430余人，毕业生就业率多年维持在90%左右。