农林系现设有农学、林学、园艺、园林、植物保护和农业资源与环境6个本科专业，有作物学和农业资源与环境2个学术型硕士学位授权点和林业、农艺与种业、资源利用与植物保护3个专业型硕士学位授权点。1958年设立农学专业，1996年批准为省级重点建设专业，1999年开始面向全国招生，2001年青海大学与青海省农林科学院进行合并，整合了师资资源和办学条件，办学规模进一步加大。2003年作物学获批一级学科硕士授权点，2011年作物学获批国家一级学科博士授权点，并于当年列入青海省重点建设学科。2014年开始以“植物生产类”大类招生。2019年设立了作物学专业博士后科研工作站。拥有国家重点实验室、教育部重点实验室、农业部科学观测实验站等教学科研平台，已建成本科-硕士-博士-博士后的人才培养体系。

农林系现有专任教师33人，其中教授8人，副教授18人，讲师7人，其中具有博士学位17人，硕士学位14人，博师生导师2人，硕士生导师24人。近年来师资队伍不断壮大，教学团队学术水平显著提高，现有自然科学与技术学术带头人3人，青海省“千人计划”高端人才6人、入选青海大学“名师培育计划”1人、入选青海省青年骨干教师1人。多位青年教师获得省级和国家级教学技能比赛奖励。近五年主持和参加科研项目70余项，其中主持国家自然基金项目10余项，累计到账经费1800多万元，公开发表论文90余篇，其中SCI论文收录40余篇，取得了丰硕的科研成果。近几年农林系师生积极参加各类创新创业比赛，其中由段晓明教授指导的“花药谷”项目成功进入第五届全国“互联网+”创新创业大赛决赛，指导的“药以硒为贵”项目获得第七届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛总决赛银奖，在创新创业大赛方面取得了较好的成绩。

农林系具有3个实验中心，农学实验中心、林学实验中心、高原花卉研究中心；共有11个校外实习实践教学基地。农学实验中心共11间实验室，微生物平台实验室、植物生理生化平台实验室，农学教学科研实验室、园艺实验室，植物保护实验室、昆虫实验室、植物病理昆虫标本室，植物组织培养室、农业资源与环境实验室。林学实验中心共有3间实验室，林学省部共建实验室、树木学实验室、园林设计室。

农林系紧扣“国家级农学一流专业”、“国家级林学一流专业”和“省级园艺学一流专业”建设的总体部署，服务于国家区域农业农村发展战略。按照青藏高原特色农林发展的要求，以立德树人为根本，以强农兴农为己任，培养 “留得住、下得去、用得上、干得好”的农、林业生产与经营管理等方面的创新性应用型人才。