青海大学农牧学院坐落在青藏高原古城-青海省省会西宁市北郊，其前身为青海畜牧兽医学院。始建于1958年9月，当时下设兽医系、畜牧系二个系。

1959年7月由青海畜牧兽医学院与青海农学院合并为青海农牧学院，下设畜牧、兽医、农学、林学四个系，含畜牧、兽医、草原、农学、林学、园艺、气象7个专业。1960年11月，省委根据“调整、巩固、充实、提高”八字方针的要求，将青海农牧学院、工学院、医学院、财经学院合并为青海大学，下设农业、畜牧兽医、工业、医学、财经5个系，共21个专业。1961年10月省委决定取消青海大学建制，停办工业、财经2个系，恢复农牧、医学和师范三个学院建制。1962年2月省委将农牧学院、医学院、师范学院和民族学院合并为青海民族学院，撤销农学、林学、农机专业，只保留兽医专业，畜牧专业学生也归到兽医专业，畜牧系教师全部转到新疆石河子农学院。

1964年4月经国务院批准畜牧兽医系由民族学院分出，独立建成青海畜牧兽医学院。当年5月省委又将畜牧兽医学院、医学院、师范学院合并为青海大学，三学院原建制及校址均未变动。因“文革”原因，1969年10月青海畜牧兽医学院被撤销。

“文革”结束后经青海省政府报请国务院批准，于1978年4月恢复青海畜牧兽医学院，下设畜牧、兽医两系。1980年新增草原系并招生。为适应改革开放的形势，学院从1987年增设牧业师范专业，1988年增设了农牧业经济管理专业，在兽医专业基础上增设了兽医公共卫生方向。学院筹建时政府批准规模为在校生630人，设5个系，5个专业。即畜牧系、兽医系、草原系、牧业机械系和草原水利系。到1988年调整为：畜牧、兽医、草原3个系。

1997年9月，根据青海省高校布局结构调整要求，青海畜牧兽医学院与青海大学两校合并，合并后校名为青海大学。青海大学农牧学院为二级学院，下设兽医系、畜牧系、草原系、农学系。2001年6月新增生物科学系，同时其他系名称更改为动物医学系、动物科学系、草业科学系、农林系。2004年 7月根据大学学科发展要求，生物科学系划归青海大学直属管理。2009年9月青海大学教学资源整合，农牧学院从原址整体搬迁至青海大学校本部。今天的农牧学院是青海省唯一一所培养农牧应用型高级专业技术人才的高等院校。